La microscopie d'immunoelectron de technique emploie des anticorps pour détecter l'emplacement intracellulaire des structures des protéines particulières à la haute résolution par la microscopie électronique. 

Des anticorps contre l'antigène exigé sont étiquetés avec des particules d'or et puis appliqués aux sections ultra-minces, qui sont alors examinées dans le microscope électronique de transmission.

Les anticorps étiquetés avec des particules d'or de différents diamètres permettent deux protéines ou plus à étudier simultanément.

La difficulté avec cette technique est en souillant la section ultra-mince convenablement, car peu de molécules d'antigène sont présentes dans chaque section.