La microscopia del immunoelectron di tecnica usa gli anticorpi per rilevare la posizione intracellulare delle strutture delle proteine particolari all'alta risoluzione da microscopia elettronica. 

Gli anticorpi contro l'antigene richiesto sono identificati con le particelle dell'oro ed allora sono applicati alle sezioni ultrathin, che allora sono esaminate nel microscopio elettronico della trasmissione.

Gli anticorpi identificati con le particelle dell'oro dei diametri differenti permettono due o più proteine da studiare simultaneamente.

La difficoltà con questa tecnica è nella macchiatura della sezione ultrathin adeguatamente, poichè poche molecole dell'antigene sono presenti in ogni sezione.