O microscopy do immunoelectron da técnica usa antibodies detectar a posição intracellular das estruturas de proteínas particulares na resoluçã0 pelo microscopy de elétron. 

Os antibodies de encontro ao antígeno requerido são etiquetados com partículas do ouro e aplicados então às seções ultrathin, que são examinadas então no microscópio de elétron da transmissão.

Os antibodies etiquetados com partículas do ouro de diâmetros diferentes permitem dois ou mais proteínas a ser estudadas simultaneamente.

A dificuldade com esta técnica está em manchar a seção ultrathin adequadamente, porque poucas moléculas do antígeno estão atuais em cada seção.