Микроскопия immunoelectron метода использует антитела для того чтобы обнаружить внутриклеточное расположение структур определенных протеинов на high resolution микроскопией электрона. 

Антитела против необходимы антигена обозначены с частицами золота и после этого приложены к ультратонким разделам, которые после этого расмотрены в микроскопе электрона передачи.

Антитела обозначенные с частицами золота по-разному диаметров включают два или несколько протеинов, котор нужно изучить одновременно.

Затруднение с этим методом находится в пятнать ультратонкий раздел подходящ, по мере того как немногие молекулы антигена присутствуют в каждом разделе.